Ngân hàng Chính sách xã hội được tổ chức theo 3 cấp: Hội sở chính ở Trung ương, Chi nhánh ở cấp tỉnh, Phòng giao dịch ở cấp huyện. Mỗi cấp đều có bộ máy quản trị và bộ máy điều hành tác nghiệp:
Bộ máy quản trị gồm: Hội đồng quản trị và bộ máy giúp việc ở Trung ương; Ban đại diện Hội đồng quản trị ở cấp tỉnh, cấp huyện.
Bộ máy điều hành tác nghiệp gồm: Hội sở chính ở Trung ương; Sở giao dịch, Trung tâm Đào tạo, Trung tâm Công nghệ thông tin; 63 Chi nhánh cấp tỉnh và 625 Phòng giao dịch cấp huyện.
Sơ đồ tổ chức